Gyöngyössy Zoltán 1958. február 20-án született. Alapfokú tanulmányait Apagyi Mária (zongora) és Révész Mária (fuvola) növendékeként kezdte a híres komlói Kodály Zoltán Általános Iskolában, amelynek közismert kórusában Tóth Ferenc Liszt-díjas karnagy keze alatt énekelt.

1972-től a pécsi Művészeti Szakközépiskolában folytatta tanulmányait Barth István irányításával, 1976-tól pedig Pröhle Henriknél tanult a Zeneakadémia fuvola szakán, ahol Pernye András, Kistétényi Melinda, Láng István, Kurtág György és Simon Albert is a tanárai közé tartozott. 1981-ben kitüntetéssel diplomázott.

Ezután Drezdában, a Carl-Maria von Weber Zeneművészeti Főiskolán képezte magát Johannes Walter és Arndt Schöne fuvolaművészeknél, majd 1982-ben háromhónapos ösztöndíjat kapott a párizsi IRCAM-ba. Tagja volt a Claudio Abbado vezette Európa Kamarazenekarnak, s kezdetben a Budapesti Fesztiválzenekarnak; rendszeresen részt vett a Szombathelyi Bartók Szeminárium és Fesztivál munkájában. 1993-ban az Ensemble Modernnel turnézott (Frankfurt, Bécs, Berlin); rendszeresen játszott a Budapesti Vonósokkal, a Weiner-Szász Kamaraszimfonikusokkal és az Erkel Kamarazenekarral, az Új Zenei Stúdióval. A Componensemble, az UMZE és az Intermoduláció együttesek tagja volt. Számos kortárs zeneszerző ajánlotta neki darabját.

Többször is elnyerte az Artisjus díját, 1993-ban Liszt Ferenc-díjat kapott. Tanított a Liszt Ferenc Zeneművészeti Egyetemen.